A denevérek megjelenésével és a különböző fajok kialakulásával kapcsolatosan több érdekes elmélet született, ezen az oldalunkon két idevonatkozó feltételezést mutatunk be részletesebben.
Tudjuk, hogy néhány éjjel aktív lepke érzékeli a denevérek által kiadott magas frekvenciájú hangokat (így elkerülheti, hogy a vadászó denevérek zsákmányává váljon), és azt is, hogy a 75 millió éves Martha’s vineyard rétegben (Massachusetts, Észak-Amerika) megtalálták a bagolylepkék petéit. Mivel az eddig ismert összes élő és kihalt bagolylepkének van olyan hallószerve, amellyel észlelni képes az ultrahangos frekvenciákat, feltételezik, hogy a lepkék, amelyek ezeket a petéket rakták, szintén rendelkeztek az említett érzékszervvel. Mindez viszont arra utal, hogy 75 millió évvel ezelőtt már létezhettek ultrahanggal tájékozódó denevérek.
Előfordul, hogy közeli rokonnak tűnő denevérfajok ma meglehetősen messze élnek egymástól. Ezt a jelenséget a kontinensvándorlással magyarázzák: néhány faj esetében valószínűleg akkor indult meg a populációk elszigetelődése és új fajjá alakulása, amikor megkezdődött a Gondwana ősföldrész feldarabolódása.

Jó példa erre a jelenségre az Új-Zélandon élő két bennszülött emlősfaj egyikének, az új-zélandi denevérnek (Mystacina tuberculata) és a közeli rokonának tűnő, Dél-Amerikában élő nagy halászdenevérnek (Noctilio leporinus) az esete. A két denevérfaj rokonságát morfológiai bélyegek és immunológiai vizsgálatok eredményei alapján feltételezik. A probléma megoldására két lehetőség kínálkozik: vagy egy új-zélandi denevér tett meg rendkívül hosszú utat a dél-amerikai kontinensig, vagy – és ez a valószínűbb – a két faj akkor vált külön egymástól, amikor mintegy 80 millió évvel ezelőtt Új-Zéland elsodródott az Ausztrália–Antarktisz kontinenstől, amelynek volt kapcsolata Dél-Amerikával.