A denevérek nemcsak a fákon, hanem a fákban is sokszor fordulnak elő. Az odúk a legjellemzőbb denevérlakások közé tartoznak, ám a fák más részein is megtalálhatjuk ezeket az állatokat, ha a megfelelő helyen keressük őket.
A kisméretű, az újvilági trópusokon élő ormányos denevér (Rhynchonycteris naso) 5–11 példányos kolóniái általában víz fölé hajló fák kérgén telepszenek meg. Az ormányos denevéreket a hátukon végighúzódó két sárgás sáv miatt nehéz észrevenni, jól beleolvadnak környezetükbe. Jellemzően érdekes színezetű és mintázatú a háta a többi kérgen előforduló fajnak is, hogy a minél tökéletesebb álcázással szinte láthatatlanná váljanak a ragadozók számára. Durvavitorlájú törpedenevérek (Pipistrellus nathusii) vagy a közönséges és szoprán törpedenevérek (Pipistrellus pipistrellus, Pipistrellus pygmaeus) a vastagabb fakéreg alatt kialakuló üregekbe bújhatnak, közeli rokon fajuk kisebb kolóniáját Észak-Amerikában mamutfenyő kérge alatt találták meg. Afrikában és Indiában szintén élnek olyan kisméretű denevérek, amelyekről tudjuk, hogy a nappalokat sokszor kéreg alá húzódva töltik el. A bambusz ugyan nem fa, de kialakulhatnak a szárában üregek, és Indiában két faj is ezeket használja szálláshelyként.
A mérsékelt övben az idős fák odvai – amelyeket vagy harkályok véstek, vagy korhadással keletkeztek – állandóbb, zavartalanabb és tágasabb lakóhelyet biztosítanak, mint a kéreg alatti üregek. Némelyik olyan stabil mikroklímával rendelkezik, hogy még áttelelésre is alkalmas helyet jelenthet a denevérek számára. A nyári időszakot egyébként is számos hazai faj tölti fák odvaiban: a vízi denevérek (Myotis daubentonii) például nyári szállásnak vízparti erdőkben keresnek megfelelő odúkat, télre azonban barlangokba húzódnak. A rőt koraidenevérek (Nyctalus noctula) állományának egy része állandó odúlakó, még a párzási időszakban is az erdőben maradhatnak az egyedek.
A faodú a trópusokon szintén közkedvelt denevérszállás. A sokfelé elterjedt baobabfa számos fajnak nyújt otthont, mint például az afrikai szívorrú álvámpírnak (Cardioderma cor) vagy az újvilági Vampyrum spectrumnak. Megesik, hogy több denevérfaj egyedei költöznek be ugyanabba az odúba, de vannak olyan fajok is, amelyek nem szeretik mások társaságát. A bennszülött új-zélandi denevér (Mystacina tuberculata) nemcsak elfoglalja az üres odúkat, hanem elpusztult fák anyagában maga is kialakít üregeket. Egy-egy ilyen helyen aztán több mint 200 denevér képes összezsúfolódni, és a nagyszámú állat akár 39 °C-ra is felemelheti a hőmérsékletet – és 100%-ra a páratartalmat! – az odúban.