Mivel a denevérek éjszaka aktívak, nekik nem éjjeli, hanem nappali szálláshelyre van szükségük. Olyan helyre, ahol eltűnhetnek a ragadozók szeme elől, ahol esetleg átaludhatnak egy egész telet is, vagy ahol világra hozhatják az utódaikat. Kevés kivételtől eltekintve ők maguk nem képesek elkészíteni ezeket, így már meglévő üregeket, odvakat, épületeket használnak lakásként. A denevérszállások hosszú és változatos listáján a kontyvirág belsejétől az egyiptomi piramisokig a legkülönbözőbb helyek szerepelnek. A kisdenevérek túlnyomó része a barlangokat választja lakóhelyül, de az idős fák odvai és az épületek padlásai is tipikus élőhelyeik közé tartoznak. Szálláshelyválasztásuk alapján a denevéreket három kategóriába sorolhatjuk. A fitofil („növénykedvelő”) fajok pihenőhelyüket fákon vagy egyéb növényeken találják meg, kívül (lombkoronában, kérgen) vagy belül (faodúban, kéreg alatt). A barlangokban vagy sziklarepedésekben lakókat nevezzük litofil („kőzetlakó”) fajoknak. A különböző bányákban élő denevéreket is ide soroljuk, bár ezek valójában már mesterséges, ember alkotta szálláshelyet használnak. A legnagyobb barlangi denevérkolóniák Texas déli részéből és Mexikóból ismertek. A San Antonio melletti Braken Cave-ben a brazil szelindekdenevérek (Tadarida brasiliensis) állományát 20 millió példányra becsülik, az eddig feltérképezettek közül ez a legnagyobb kolónia. Az antropofil fajok az ember építette házak, templomok és egyéb építmények sötétebb zugait használják, hazai épületlakó denevéreink például a templomok tornyait, sötét padlásait kedvelik. Vannak olyan fajok is, amelyek nem sorolhatóak be egyértelműen egyik csoportba sem: (1) mivel többféle típusú szálláson is megfordulnak az év során; (2) az adott – széles elterjedésű – faj különböző szállástípusokat részesít előnyben a különböző földrajzi régiókban. A magyarországi denevérek közül szintén sokan töltik a nyarat faodúban, a telet barlangban.