A barlangok klasszikus denevérlakhelyek, és a hazai fajok nagy részének életében valóban fontos szerepet játszanak. A hosszúszárnyú denevérnek (Miniopterus schreibersii) például teljes életciklusa ide kötődik.
A nyáron faodúban lakó denevérek közül is sokan a kiegyenlítettebb klímájú barlangokban töltik a telet. A vízi denevérek (Myotis daubentonii) szülőkolóniái jellemzően odúkban telepszenek meg, ám ősszel, a párzási időszakban az állatok akár száz kilométernél messzebbre is elvándorolnak a megfelelő párzóbarlang felkeresése céljából, hogy aztán – útjukat egy átmeneti szálláson való rövid pihenővel megszakítva – innen jussanak a téli szállásul szolgáló barlangba. A telelés megkezdése előtt más odúlakó denevérfajok is hasonlóan váltanak szálláshelyet.
Néhány denevérfaj – mint például a tavi denevér (Myotis dasycneme) – egyes példányai a párzóbarlangból nyári szálláshelyeikre, a faodúkba térnek vissza.
Télen az épületlakó denevérek egy része is barlangokba húzódik. A kis patkósdenevérek (Rhinolophus hipposideros) és a nagy patkósdenevérek (Rhinolophus ferrumequinum) szinte mindig barlangokban töltik a telet, de a kissé szeles templomtornyokból ősszel a közönséges denevérek (Myotis myotis) is előszeretettel költöznek át a kiegyenlítettebb klímájú barlangokba.
A Magyarországon élő denevérek számára létfeltétel a szálláshelyül, telelőhelyül használt barlangok zavartalanságának biztosítása (hogy például a telet háborítatlanul vészelhessék át).