A Magyarországon élő denevérfajok természetes búvóhelyei barlangok, sziklahasadékok vagy faodúk lehetnek. Sajnos ezek a szálláshelyek napjainkra erősen megfogyatkoztak, illetve nagymértékben megváltoztak. Egyre kevesebb a zavartalan barlang, sziklaüreg, a rendszeresen látogatott barlangok általában már nem biztosítják a denevérkolónia számára a nyugodt körülményeket. Az odúlakó denevéreket szálláshelyeik végleges eltűnése veszélyezteti: az öreg erdők egyre fogyatkoznak, így a szállásként használt idős, odvas fáknak – és az ezekben az erdőkben vadászó fajok vadászterületeinek is – nyoma vész.

A természetes élőhelyek drasztikus csökkenése következtében a denevérek már régóta épületekben is megtelepszenek: egy régi padlás, templomtorony vagy pince, valamint a panelházak rései egyaránt búvóhelyül szolgálhatnak számukra, így a városi ember is sokszor „testközel”-be kerülhet a denevérekkel. A panelházak dilatációs hézagaiban meghúzódó rőt koraidenevérek (Nyctalus noctula) nemegyszer elég hangosak ahhoz, hogy felkeltsék a lakók figyelmét és – gyakran nem túl rokonszenvező – érdeklődését. A jóval kisebb termetű, éjszakánként rengeteg szúnyogot elfogyasztó fehérszélű törpedenevérek (Pipistrellus kuhlii) faburkolatok mögött bújnak meg előszeretettel. A templompadlások és -tornyok zavartalanságuk okán váltak jellegzetes denevérszállássá, ma már azonban itt is egyre ritkábban találkozhatunk denevérekkel.